This is generated together with the VAT declaration. So actually one database object will create multiple XML files. The format is probably the same for all EU countries, and the Estonian version is well documented:

[url www.emta.ee/et/ariklient/tulu-kulu-kaive-kasum/maksudeklaratsioonid/vd-ja-vdp Vormid Ühendusesisese käibe aruanne (VD) ja ühendusesisese käibe muutmise aruanne (VDP)].